Já na segunda temporada, o foco está na própria ilha, mostrando os conflitos de personalidade entre os sobreviventes. O enigma dessa vez gira em torno do significado da ilha, trazendo um novo cenário que é a misteriosa escotilha habitada por apenas uma pessoa (Desmond), o encarregado de a cada 108 minutos, digitar a sequência de números (4, 8, 15, 16, 23, 42) em um sistema antigo de computadores. A soma dessa sequência curiosamente resulta no número 108. Esse tempo de 108 minutos é decorrente de um "incidente" em uma experiência (ainda desconhecida) feita por uma empresa chamada Dharma, que tem seu símbolo espalhado pela escotilha. Caso essa sequência não seja digitada corretamente, teoricamente acontecerá um desastre de proporções mundiais (desastre ainda desconhecido também). Após um acidente no computador, o único habitante dessa escotilha foge deixando o trabalho para os personagens principais da série que passarão a se revezar em turnos para apertar o temido botão. Essa sequência de números também acompanham os personagens em vários momentos, como por exemplo o vôo que eles tomaram era o 815 (8 e 15), que decolou do portão 23 e tinha o tempo previsto de 16 horas de viagem. (*)Os números têm um significado maior para o personagem Hurley que ganhou na loteria com esses números. Junto com o dinheiro veio uma onda de azar para ele e para todas as pessoas ao seu redor.

O criador da série, J. J. Abrams, sempre está na mídia soltando algumas dicas, aumentando a especulação dos fãs sobre um possível final para a série, colocando em xeque até mesmo os aspectos físicos da ilha, deixando a dúvida se eles estão realmente em uma ilha. O que realmente é fato até agora é que os sobreviventes estão em uma espécie de experiência e que todos estão lá por algum motivo predeterminado. O desenrolar desses mistérios ainda é desconhecido. O autor da série diz que tudo que está acontecendo na história tem uma explicação científica.

A curiosidade dos telespectadores é tamanha, que todos os dias surgem milhares de teorias sobre o assunto, como a de que todos eles já estariam mortos e estão em uma espécie de purgatório. Outras teorias alegam que tudo isso é produto da loucura de apenas um dos sobreviventes (no caso, Jack, o médico) e que nada daquilo e nem as pessoas existiriam. Outra tese é relacionada a extraterrestres. Todas já foram descartadas pelo autor da série, de certa forma aumentando a criatividade nas teorias futuras, criando umas até mais coerentes cientificamente. Entre elas existem algumas muito interessantes, como a de que a ilha é na verdade uma instalação militar ou obra de uma grande empresa. Esta área teria sido parte de um projeto antigo, chamado Dharma, que inclui estudos psíquicos e paranormais. Esse projeto já teria sido abortado há alguns anos, mas alguns funcionários teriam prosseguido com ele por conta própria, em busca de estabelecer uma nova ordem mundial, a partir de experiências com crianças, para que essas pudessem dar continuidade ao projeto. Outra teoria muito boa tem relação com o livro "Presa" (Prey) de Michael Crichton, devido a uma grande semelhança de acontecimentos. Na versão do livro, haveria uma equipe enviada a determinado local para limpar os restos de uma experiência infrutífera. No caso, essa experiência teria relação com tecnologia, mais precisamente com os nanorobôs, que de tão pequenos andariam em forma de fumaças negras (semelhante ao "monstro" de Lost). As semelhanças entre o livro e a série não param por aí: os nanorobôs do livro podem erguer objetos e pessoas, além de habitarem o subsolo. Na série, as árvores não são levantadas e sim sugadas para o chão. No livro os nanorobôs têm a capacidade de entrar nas pessoas e controlá-las causando alucinações. Na série as  alucinações são constantes. Todos os sobreviventes as têm, além do fato de Locke poder andar, mesmo sendo deficiente. Isso pode ser atribuído aos nanorobôs que exerceriam um poderoso controle sobre a sua forma física. No livro, os nanorobôs têm a capacidade de imitar formas humanas e outras formas de vida refletindo a luz solar, que talvez explique na série, o fato de no início da primeira temporada, Sawyer ter matado um urso polar que tentou atacá-los, lembrando que eles estão em uma ilha tropical, o que seria impossível de acontecer em uma situação normal. Sendo assim, poderíamos explicar os estranhos acontecimentos na primeria temporada, onde vemos o pai de Jack (que já havia falecido e não estava no avião)(**) guiando-o até um ponto onde havia água corrente em abundância, e por último a semelhança no nome dos protagonistas, que tanto na série quanto no livro se chamam Jack. Essas semelhanças são interessantes e chamam atenção principalmente pelo fato de J.J. Abrams ser fã assumido de Michael Crichton, tendo inclusive afirmado que o episódio piloto da série iria seguir o esquema narrativo do autor.

Essas teorias são muito inteligentes e se encaixam perfeitamemnte na explicação dos porquês da série, mas nenhuma certeza existe sobre elas ou sobre o verdadeiro fim, que já está escrito e guardado a sete chaves por J.J. Abrams. Com isso só resta a nós telespectadores esperar pacientemente, assistinndo os episódios até que chegue o tão esperado final. O que eu desejo é que realmente o final seja tão bom  ou mesmo melhor do que toda a série. E que seja mais criativo do que todas as teorias desenvolvidas pelos fãs."

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(*) Além disso, os números aparecem em diversas outras situações na série. Sem contar que o assento de Jack no avião era o 23 e o de Ana-Lucia, o 42.

(**) Seu corpo estava sendo transportado no avião para seu sepultamento nos EUA.